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首先，我们应区分这个营业税是预缴还是正常申报纳税。对于预缴问题，营改增前后均客观存在。根据《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第18号），不管是一般纳税人还是小规模纳税人，采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税，在取得预收款的次月纳税申报期向主管国税机关预缴税款。
对于预征税款的后续处理，应当以当期应纳税额抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。
具体处理应区分以下几种情况：
一是一般纳税人销售自行开发的房地产老项目，可以选择适用简易计税方法按照5%的征收率计税。值得注意的是，一经选择简易计税方法计税的，36个月内不得变更为一般计税方法计税。纳税申报时，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。其中，预缴税款计算时，按照5%的征收率计算，即应预缴税款=预收款÷（1+5%）×3%。小规模纳税人销售自行开发的房地产项目纳税申报与此相同。
二是 一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应以当期销售额和11%的适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。在这里，预缴税款计算时，按照11%的适用税率计算，即应预缴税款=预收款÷（1+11%）×3%。
如果已经缴纳的营业税不是预缴，那么就要注意以下两个问题：根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的规定，试点纳税人发生应税行为，在纳入营改增试点之日前已缴纳营业税，营改增试点后因发生退款减除营业额的，应当向原主管地税机关申请退还已缴纳的营业税。试点纳税人纳入营改增试点之日前发生的应税行为，因税收检查等原因需要补缴税款的，应按照营业税政策规定补缴营业税。
至于发票的开具问题，国家税务总局公告2016年第18号也做出了明确的规定：一般纳税人销售自行开发的房地产项目，其2016年4月30日前收取并已向主管地税机关申报缴纳营业税的预收款，未开具营业税发票的，可以开具增值税普通发票，不得开具增值税专用发票。小规模纳税人销售自行开发的房地产项目，其2016年4月30日前收取并已向主管地税机关申报缴纳营业税的预收款，未开具营业税发票的，可以开具增值税普通发票，不得申请代开增值税专用发票。
《国家税务总局关于营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第53号）进一步明确了已申报缴纳营业税未开票问题。该公告指出，《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）附件《商品和服务税收分类与编码（试行）》中的分类编码调整以下内容，纳税人应将增值税税控开票软件升级到最新版本（V2.0.11）：……（十一）增加6“未发生销售行为的不征税项目”，用于纳税人收取款项但未发生销售货物、应税劳务、服务、无形资产或不动产的情形。“未发生销售行为的不征税项目”下设601“预付卡销售和充值”、602“销售自行开发的房地产项目预收款”、603“已申报缴纳营业税未开票补开票”。使用“未发生销售行为的不征税项目”编码，发票税率栏应填写“不征税”，不得开具增值税专用发票。
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